利用玻璃珠灭菌器进行灭菌的过程中，其灭菌效果会受到很多因素的影响，比如温度、微生物数量等等，下面内容进行简单的分析。
1、微生物的数量多少显然会影响灭菌的效果，数量越多，热死时间越长。
2、培养基的成分与组成也会影响灭菌效果。一般地讲，蛋白质、糖或脂肪存在，则提高抗热性，pH在7附近，抗热性强，偏向两，则抗热能力下降，而不同的盐类可能对灭菌产生不同的影响；固体培养基要比液体培养基灭菌时间长。
3、不同的微生物或同种微生物的不同菌龄对高温的敏感性不同。多数微生物的营养体和病毒在50~65°C，10分钟就会被杀死；但各种孢子、特别是芽孢能抗热，其中抗热性强的是嗜热脂肪芽孢杆菌，要在121°C，12分钟才被杀死。对同种微生物来讲，幼龄菌比老龄菌对热敏感。